Jak wszyscy wiemy, głównym przeznaczeniem chakry jest wykorzystanie jej do technik Ninjutsu. Te z kolei dzielą się na odpowiednie rodzaje, związane ze standardową sztuką shinobi, bądź też poszczególnymi żywiołami. Każdy shinobi ma z góry wyznaczoną naturę chakry. Decyduje ona o tym, technikami którego z żywiołów będzie mógł się on posługiwać. W tym wypadku ninja z chakrą natury ognia posługuje się np. jutsu Housenka no jutsu itp, jednak inne techniki pozostaną w sferze jego marzeń – chyba że przejdzie odpowiednio ciężki i długi trening, aby wypracować w sobie drugą naturę.
Natur chakry jest łącznie pięć – Katon(Ogień),Suiton(Woda),Doton(Ziemia),Fuuton(Wiatr) i Raiton(Piorun).Każda natura ma przewagę nad jedną z innych, tak samo jest ze słabością.Katon przezwycięża Fuuton,Fuuton przezwycięża Raiton,Raiton przezwycięża Doton, Doton przezwycięża  Suiton a Suiton przezwycięża Katon, jak na obrazku.

A oto te żywioły :

Katon (w ogniu ukrycie)
Dzięki tej naturze możemy tworzyć ogniste kule, ogniste smoki, wszystko co związane z Ogniem.
Tą naturę posiada klan Uchiha.

Fuuton(w powietrzu ukrycie)
Shinobi mogą korzystać z mocy natury tworząc ogromne tornada czy nawet huragany.
Największy kontakt z tą Naturą mają ninja z Suny, czyli między innymi Temari i reszta.

Raiton(w burzy ukrycie)
Natura związana z piorunami i elektrycznością,ta natura przezwycięża Ziemię.
Przykładem natury jest Chidori albo Kirin używane justu przez Sasuke.
Z tym żywiołem dużo związane ma Hatake Kakashi.

Doton(w ziemi ukrycie)
Wszystkie techniki bazowane są na żywiole ziemi. Ninja posługujący
się takim rodzajem technik może z łatwością używać np. piasku, błota
itp., przeciwko swojemu przeciwnikowi.Ziemią posługiwał się Jugo.

Suiton(w wodzie ukrycie)
Techniki, które mają swoje korzenie w wodnym żywiole. Shinobi mogą tworzyć dzięki
temu mury z wody albo wodę, która zamienia się w jakieś bestie lub kule.
Kisame ma tą naturę.


Jaki mamy żywioł możemy sprawdzić biorąc kartkę i wkładając w nią chakrę. Jeżeli się pokrószy - Doton, jeżeli spłonie - Katon,jeżeli się rozerwie na pół - Fuuton,jeżeli się rozerwie w kształcie zygzaka - Raiton, jeżeli się rozleci z wilgoci Suiton.

Ostatnią rzeczą związaną z naturami chakry jest ich łączenie i tworzenie nowych, a mianowicie tych ściśle związanych z Kekkei Genkai. Aby kreować nowe „żywioły”, należy mieć do tego odpowiednie predyspozycje związane z linią krwi, czyli urodzeniem w klanie z niezbędnymi do tego zdolnościami.Dzięki umiejętnej fuzji dwóch odmiennych rodzajów chakry można używać stosować oryginalne żywioły.

Mokuton(drewno)
Ta natura powstaje z Suiton'a i Doton'a.
Narazie tą naturą posługuje się Yamato.

Youton(lawa)
Ta natura powstaje z Suiton'a i Katon'a.
Narazie tą naturą posługuje się klan Kazagan.

Hyouton(lód)
Ta natura powstaje z Suiton'a i Fuuton'a..
Narazie tą naturą posługiwał się Haku.